FAT16は、Windows3.1やWindows95などで採用されていた方式で、総クラスタ数は最大65,524個で、クラスタサイズは512バイトから32KB（WindowsNT系では64KB）まで使用でき、最大2GBまでの領域を管理することが可能で、複数の領域に区切れば2GB以上のハードディスク（HDD）を使用することもできる。

また、FAT16は幅広いOS（オペレーティングシステム）でも利用可能であり、Windows以外でもOS/2、Linux、一部のUNIXなどでも使用でき、MacOSでもターミナルで仕様変更をおこなうことで利用が可能となる。

FAT16では、圧縮、暗号化 等のセキュリティは未対応となっている。

FAT16の拡張バージョンとして、FAT32がある。

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